Istraživanje provedeno u SAD na Baylor College of Medicine povezuje unos kafe s pozitivnim učinkom na stanje crijevne flore. Prisutnost tzv. dobrih bakterija u crijevima je povezivana s nizom pozitivnih učinaka na zdravlje.
Prema podacima prikupljenima od 34 ispitanika, pozitivan učinak kafe na crijevne bakterije bio je prisutan kod osoba koje piju najmanje dvije šolje kafe dnevno.
Kod ovih učesnika istraživanja zabilježena je i manja prisutnost crijevnih bakterija povezanih s pretilošću. Ranije studije ukazale su na manji rizik za dijabetes tipa 2, Parkinsonovu bolest i neke tipove raka kod osoba koje redovno piju kafu.